Şeyh Abdûlkadir Geylani (ks) Hazretleri doksan bir yaşında vefat etmiştir. Bağdat’ta medresenin bahçesine defnedilmiş, daha sonra müritleri, Bağdat bahçelerinde bulunan kabrini inşa etmişlerdir. Kanuni Sultan Süleyman da Mimar Sinan Paşa’ya kabrin üzerine bir mescit inşa etme emri vermiş, görenleri azametinin ve yüksekliğinin büyüleyeceği bir kubbe inşa ettirmiştir.

Medrese, idareciler ve müritler sayesinde gelişerek günümüze kadar gelmiştir. Şeyhin mezarına ahşap bir kafes yapılmış, kafesin üzerini altın ve gümüş iplerle süslenmiş ipek bir örtü ile kaplanmış, zamanla haşerenin ahşaba zarar vermesi yemesi ve ziyaretçi sayısının çok olması nedeniyle ahşap bozulmaya yüz tutmuş, daha sonra h. 1404 senesinde kafes kaldırılmış, yerine altın ile kaplanmış kare bir kafes konulmuştur. Daha sonra bu kafesin büyük bir kısmı Cüneyd-i Bağdadi (ks)’nin türbesine hediye edilmiştir. Kafes kabrin üzerinde üç sene kalmıştır. Sonra 1987 senesinde Pakistan’da gümüşten yapılmış bir kafes türbenin üzerine konulmuştur. Kaldırılan altın kafes ise Akr şehrine gönderilerek Şeyhin oğlu Şeyh Abdulaziz’in mezarının üzerine konulmuştur.